Layanan MCU merupakan serangkaian pemeriksaan kesehatan yang dilakukan dengan tujuan untuk mengevaluasi kondisi kesehatan secara menyeluruh. Layanan MCU bisa untuk Individu maupun instansi atau perjanjian kerjasama.

Rawat Jalan merupakan pelayanan medis kepada pasien untuk tujuan observasi diagnosis, pengobatan, rehabilitasi, dan pelayanan kesehatan lainnya tanpa mengharuskan pasien tersebut dirawat inap.

Rawat inap adalah pelayanan kesehatan perorangan, yang meliputi observasi, diagnosa, pengobatan, keperawatan, rahabilitasi medik, dengan menginap di ruang rawat inap pada sarana kesehatan rumah sakit dimana dengan alasan medik penderita harus menginap.

Pelayanan Gawat Darurat melayani pertolongan pertama pada kasus atau penyakit yang tergolong emergency yakni dengan melakukan diagnosis dan pengobatan langsung pada penyakit akut dan cedera yang memerlukan tindakan segera.

Pelayanan Intensive Care Centre, melayani pasien yang memerlukan pelayanan intensive care yang terintegrasi meliputi : Pelayanan Intensive Care dibidang Pediatric: Pediatric Intensive care unit (PICU), Neonatus Intensive Care Unit NICU), Intensive Coronery Care Unit (ICCU)dan kasus-kasus lain yang membutuhkan perawatan intensive.

Instalasi Bedah Sentral (IBS) merupakan salah satu Instalasi di RSUP yang memberikan pelayanan pembedahan spesialis dan subspesialis dari berbagai disiplin ilmu yakni : Bedah Anak, Bedah Digestive, Bedah Tumor, Bedah Urologi, Obgyn Ginekologi, Bedah Thorax Cardio Vaskuler, Bedah Saraf, THT, Mata, Orthopedi, Bedah Gigi Mulut.

Radiologi merupakan salah satu cabang ilmu kedokteran yang untuk mengetahu atau mendiagnosis bagian dalam tubuh manusia dengan menggunakan teknologi pencitraan, baik gelombang elektromagnetik maupun gelombang mekanik.

Laboratorium Patologi klinik adalah cabang spesialis kedokteran yang memberi perhatian lebih khusus pada diagnosis penyakit melalui analisis laboratorium atas cairan tubuh

Telemedicine adalah sebuah terobosan revolusioner dalam industri kesehatan yang telah mengubah cara pasien dan profesional kesehatan berinteraksi. Melalui pemanfaatan teknologi komunikasi dan internet, layanan telemedicine memungkinkan pasien untuk mengakses perawatan medis dari kenyamanan rumah mereka sendiri.

Pelayanan kefarmasian adalah suatu pelayanan langsung dan bertanggung jawab kepada pasien yang berkaitan dengan sediaan farmasi dengan maksud mencapai hasil yang baik untuk meningkatkan harapan hidup pasien.

Layanan CSSD dan Laundry ditujukkan untuk menunjang aktivitas pelayanan medik dilengkapi dengan sarana dan prasarana yang lengkap untuk menjamin keberlangsungan kegiatan sterilisasi alat, set operasi dan pakaian agar dapat mendukung operasional pelayanan medis di rumah sakit.

Pelayanan Gizi di RS Dr. Johannes Leimena Ambon adalah rangkaian kegiatan terapi gizi medis yang dilakukan institusi kesehatan ( rumah sakit ), untuk memenuhi kebutuhan gizi klien / pasien.